杨素带兵和陈国将领展开(🔛)激战，宇文拓拿出轩辕剑(🙅)和陈国皇上对打，陈国皇上被打伤，陈辅带着皇子逃开。陈靖仇长大后活泼调(🏣)皮，陈辅对他很无奈，对他又再意味深长地教导一番。隋军得到了河洛石刻，大喜，因为这将有助于找到神(👤)器。可是，一位神秘女子勇闯军营，轻易夺走了石刻，宇文拓与那女子交战一番却也不敌，被她逃走。
陈靖仇对着镜子说让他师傅来救他，被红红发现，玉儿很生气，将他绑了起来。陈辅从灵镜里也看到了。陈靖仇告诫玉儿她们不要过去，很危险，但玉儿置之不理。红红突然被泥土(🏝)吞噬了进去，掉入了一个(🎆)山洞。玉儿(✔)想救她却无果。陈靖仇告诉她只要到了鬼谷村，他师傅就可以救她们了。
陈靖仇和拓跋玉儿遭到大隋十二仙道军追杀，紧要关头二人被陈辅所救。陈辅将陈靖仇交由拓跋玉儿照顾，自己只身应敌。拓跋玉儿训斥陈靖仇一直只看到师傅的严厉，却没有看到师傅对(🌱)他的关(🌭)心和爱护。二人返回村中，陈靖仇决定自己(🏤)作为诱饵引回村民。
宇文拓看望母亲，欺骗她说自己已经杀掉杨坚与杨素，现在后周的势力(♍)已经足够强大，但为自己无法救出母亲而感到心伤。宇文拓来找独孤宁珂，宁珂担心宇文拓的母亲得知真相后无法接受。但宇(🕘)文拓说，如果没有这(💛)个谎言，母亲不可能活到现在。
剑痴、靖仇、玉儿与张烈一同前往月(🥔)河城寻找女娲石，沿途路遇树妖的侵袭，树妖声东击西(🤑)将玉儿与张烈、剑痴、靖仇分散开。剑痴、靖仇中了山魅王的毒。紧要关头玉儿与张烈出手解救了剑痴、靖仇。靖仇身中剧毒性命堪忧，玉儿不顾自己安危以身过毒，救了靖仇。
玉儿、剑痴、靖(💠)仇等一行人终于到达月河城，张烈和红红因(🦊)中了(💡)花粉毒而消失。剑痴与如烟交手，为了阻止剑痴、如(🍑)烟互相伤害，马婆(💙)婆出手。马婆婆将(😊)玉儿、剑痴、靖仇三人带到安全处。她将(⏬)如烟的经历告诉了三人。原来如烟是因爱生恨，由一个善良的女孩变成(🎧)了妖女，并且将月河城变成了鬼蜮。马婆婆说只有唤醒女娲后人，取得女娲石，才能拯(🐍)救月河城
陈靖仇靠“十五”破译女娲庙门，玉儿未(🕔)来得及进入庙里，被如烟卷进梦境，陈靖仇为了救玉儿甘愿入梦，玉儿入梦(🐪)后(🎧)一路追随张烈，陈靖仇入梦后(🈳)遇见的是玉儿小时候，陈靖仇抱着小(🗣)玉儿跳入悬崖，成功把玉儿从梦境(🎈)中唤醒。剑痴入庙，看到宇文拓，不愿(🍼)承认自己是宇文(📪)拓，如烟作祟，玉儿变成两个，陈靖(🗿)仇无法分辨谁是真的玉儿。
陈靖仇爱上温柔的玉儿，被真实(🕗)的玉儿阻止亲吻，剑痴入梦相救，拔出马婆婆给的破梦刀，杀死假玉儿(🆓)，陈靖仇抱假玉儿痛哭，对玉儿表白爱意，接着，再次被如烟卷入梦境，来到(🌓)皇宫，吕成(😬)志(🛎)是皇(💉)帝，如烟成了皇后(🍺)，为了回(🐾)到现实，一番周折，最(🛂)后如(🌵)烟杀死梦里的吕成志，众人回到现实，剑痴、陈靖仇、(♋)玉儿随马婆婆进(🎎)入女娲后(💸)人庙，试图唤醒女(🈯)娲后人于小雪。
剑痴和陈靖仇一起唤醒了小雪。醒来后的小雪认识了靖仇和剑痴等人，玉儿看靖仇(🥑)痴迷的样子很生气。小雪苏醒后拯救了月河城的子民。玉儿想要夺取小雪体内的女(🎣)娲石，不料被(✈)巨大的能量反(🕗)弹回来。张烈与玉(🚫)儿一(🏈)直觊(🅿)觎小雪的女娲石，剑痴和宇文拓默默保(🖍)护着小雪。
剑(🕗)痴与(🐡)小雪同游夜市，宁珂透过魔镜看到剑痴与美貌的小雪在一起不禁吃醋。她化身(💂)乖巧的女子来到(✳)剑痴面前，问剑痴自己与小雪谁更美。剑痴警告(🆕)宁珂不(🙏)要伤害小雪。玉儿最(🎓)终骗小雪去挞拔，在路上红红和(🔥)张烈想要取女娲石，玉儿为保护(🍋)小雪与他们发生争执。玉儿与小雪的关系有所缓和。另一方面，剑痴与靖仇开始去挞(🔃)拔救小雪(💇)。靖仇和剑痴通过鸦风和小雪联系，小雪听到靖仇对小雪说关爱的话，一怒之下将鸦风摔坏。
晚上剑痴熟睡后陈(🦌)靖仇偷出鸦风跟(🐸)小雪联系，却被玉儿听到，玉(〽)儿生气的摔坏了鸦风。陈靖仇凭借鸦风摔坏前一刹那听到的声音辨别方向一路向北追踪，最后追到了迷石林(🐯)。他们在迷石林的入口见到鸦风，陈靖仇准备飞身进入，剑痴拿起鸦风仍出去见到鸦风被震得粉碎。剑痴带着陈靖仇从地(🚯)面走(🙋)进迷石林，两人走了半天还是回到了原(🚳)位。
剑痴首先醒来试图为小雪疗伤，可是由于(⚡)他受伤严重丝毫提不(💼)起真气。最后(⛅)剑痴再次昏倒。小雪醒(⛪)来已(👱)经恢复些许体力，她为剑痴疗伤，剑痴恢复(🙁)一些伤势后，小雪问剑痴为何可以不顾性命来保护她，这就是爱吗(⏺)，剑痴回答他的(🤳)感情不是爱情，而是其他的感情(🔣)。陈靖仇被关在大牢里，红红带人去(🔦)牢中拷问陈靖仇，陈靖仇假装跟小雪鸦风说话，红红逼(👃)问小雪下(🍦)落，喂(🐪)陈靖仇吃下毒蛊，整得陈靖仇死去活(💼)来。玉儿(😭)赶来阻止了红红，并用笛音控制住了蛊虫
玉儿因为要陪姐姐而不能分身去救朋友的心事被(😗)姐姐发现，月儿让玉儿放心，汗皇说不会为难陈靖仇，只是暂时得不到自由。玉儿觉(🛒)得给大家添(🕡)了(💈)麻烦向姐姐道歉，姐姐释然说道不用说对不起，照顾朋友是应该的，不怪玉儿，要怪只(💫)能怪自己中了黄金剑气。玉儿给姐姐跪了下来，说她现在是唯一的亲人，就算付出一切，也要把姐姐的病治好。轩辕剑之天之(⏫)痕第(🚅)14集玉儿发现姐姐月儿是兔魔变的，误会自己抢走了她的爱情(🍥)，想让她体会一模一样的痛苦，跟红红串通好一切，想把一切罪名都栽赃给玉儿。真正的姐姐月儿其实早就死了，兔魔一直霸占着她的身体。玉儿知道后难过至极，与兔魔打了起来，几回合下来玉儿并不是兔魔的对手，兔魔让玉儿赶紧把女娲石带来，这样自己很快就能变成人。
小雪给玉儿疗伤，玉儿恢复了容貌，陈靖仇(🗼)还夸赞她，玉儿很不好意思。玉儿向小雪表达(🈴)了谢意。陈靖(📐)仇想找到张烈，他向玉儿求助，玉儿答应了他。陈靖仇见到张烈(🕎)，骗他(🔑)说皇后在他手中，让张烈去后山药池。张烈赶(🐆)紧带人过去。
玉儿将玉龙香车的指挥牌交给(⤴)陈靖仇，陈靖仇对她表示了感谢。还打算跟她来个告白的拥抱，说了很多动情的话，但玉儿却故作冷酷。陈靖仇别出心裁地和玉儿来了个预演的告(🐹)别，玉儿再也按耐不住，流下悲伤的眼(🌁)泪。第二天，陈靖仇等了好久，却不见玉儿来送别，他很失落地走了。
剑痴依然神志不清，要给靖(🛴)仇等人算命，靖仇本想用(🐘)计灌醉剑痴，不料靖仇、玉儿却被剑痴灌醉。一位自称会摸骨的道士道出剑痴、小雪、玉儿的本性及命运，靖仇本想让道长摸骨，道长说时机未到，有缘自会相见。靖仇想要从剑痴口里套到小雪对自己的评(💳)价，但却得知小雪认为自己和玉儿挺好的。
宁珂将剑痴从玉儿身边(🔧)引开(🚛)，想(🥜)要唤起剑痴的另一(🤥)个身份宇文拓的记忆，不料时机不对，宇文拓将自己误认为嫂(🔞)子。宁珂自称是剑痴的师妹接近靖仇、小雪等人，温柔的宁(🎣)珂受到靖仇的欢迎(🗞)，但玉儿则对宁珂有些怀疑。宁珂故意让小雪从自己的意念中感受到自己与剑痴的亲密关系，得知这一(🍆)切的小雪非常伤(👫)心。同时对宁珂的防备也(♊)减弱。
小雪感应到剑痴有危险，小雪、玉儿和靖仇去找剑痴；(🛁)杨素欲(🚰)除去宇文(🏼)拓却被宁珂救走；宁珂告知大家崆峒印可救回剑痴，玉儿留下(💮)小雪照顾剑痴保护神奇，而自己和靖仇出发去北海找寻崆峒印。
然翁仙人将氐人族女皇与古月的故事告诉玉儿和靖仇；然翁仙人教靖仇扮作古月去骗氐人族女皇，玉儿负责去找崆峒印；女皇带靖仇来(🏐)到鲸水濂洞前，告诉(🔳)他崆峒印就在濂洞后面，而鲸水濂洞是有一个神奇的作用，它可以反映出你心里最爱的(🏧)人是谁。
靖仇中了女皇的独门绝招，只有女皇本人能救他。靖仇渐渐(🛋)变老了，玉儿看见靖仇突(🐌)然间变老了，很难过，她(🗾)要救他。于是玉儿拿起(🐞)红色的毒珊瑚，往(😛)自己(🌆)的脸上划去。一道深深的伤疤留在玉儿的(📭)脸上，女皇见状也十分震惊。
陈(🤰)靖仇与宇文拓反目，靖仇质问文拓为何要变成剑痴来欺骗自己。宇文拓用崆峒印救出母后。母后走入(🖨)园(🤟)中(🥐)，让宇文拓摘下一朵(🙎)桃花戴在头上。母子二人享受着久违的团聚时光。宇文拓吃着母亲亲手做的面条，不仅落下眼泪。
宇文拓没有杀掉隋炀帝，选择救了独孤宁珂，独孤宁珂很感动，对宇文拓动了真情。小雪坐着话不说饭不吃，陈靖仇怎么劝她也没用，于是一时冲动发怒起来。小雪被陈靖仇骂了一顿就哭着跑(🚝)了，她被宇文拓(🥩)欺骗，自己也欺(🏨)骗了别人。陈靖仇四处找小雪，向她道歉，希望小雪(⬆)不要离开自己，小雪很感动，最后还是出来见了靖仇。小雪发(🐫)现靖仇的仙帕(📟)发光(🎈)，靖仇认为这是去找仙山的好时候，于是和小雪乘上仙帕来到仙山。
小雪心里很乱，她到底爱的是靖仇(🈺)还是宇文拓，她很难选择。古月送给小雪两件东西让她选择，选(🚅)择忘记(🛋)陈靖仇还是宇文拓。陈靖(🚣)仇在意境中遭受到打击，喝了酒不(🔐)想前进。靖仇(🌩)对(🦏)自己身无绝技而当大地皇(💙)者很难过，然翁告诉他这是上天(🌌)决定(🏦)的。为(📇)了让陈靖仇励志，给他说了分享者.电视古月的故事，他当年也是大地皇者(👝)。让翁激励陈靖仇，鼓励他要有自信，有勇气
小雪走出门外，看着那瓶可以洗去她对宇文拓和陈靖仇的真情的药水发呆，最终她含泪喝下(🚶)了红色的那瓶。真(🛍)假陈靖仇展(🛥)开激战，假陈靖仇说了很多鄙视陈靖仇的话，陈靖仇一激动要和他同归于尽，假陈靖仇不(🦄)得已显出了真身。
小雪和宇文拓一起喝酒，宇文拓对她讲了他(😤)的故事，还说自己很爱青梅竹马的那个她，小(🕝)雪(🚬)祝福(🖲)了他，还讲了自己的故事，还说觉得做人很痛苦，小雪又喝完几杯(🥟)酒之后黯然离开。将这一切看到眼里的宁珂十分生气，她知(🏺)道宇文拓还是担心小雪，并没有忘(🍦)记她。
宇文拓想要再一次下到(🥤)魔界拯救母亲。临行前一天晚上，醉酒的宇文拓向宁珂诉说着自己内心从(🔱)未透露出的恐惧，心疼她的宁珂抚慰他，二人度过缠绵一夜。小雪感(⌚)应到宇文(🍖)拓与宁珂的亲(🧖)近，非常伤心。宇文拓被困魔界，原来是魔君与(🎽)书香设计困住宇文拓。在宇文拓被杀之际宁珂及时赶到救了他。宇文拓得知了宁珂的魔界之女身份，对她既爱又恨。宁珂救(💪)了宇文拓的母亲，宇文拓邀宁珂喝(📫)酒，二人诉说(🚩)着对彼此的(🐛)感情。
古月(🔆)仙人救醒宇文拓的母亲，醒来后的母亲失忆忘记宇文拓。宇文拓将(🍼)黄老邪的遗言告知小雪，为了阻止魔君消灭整个人间，宇文拓与小雪决定找到潜(🙈)伏(🔪)人间的魔种练就万灵血珠(⬜)。靖仇与玉儿一路寻找小雪和宇文拓，在靖仇的感应下，他们慢慢接近宇文拓。
书香在天外村在终于找到了宁珂，在书香的蛊惑下激(🏮)起了宁珂对宇文拓的仇恨，宁珂魔性大发逃出(🛺)了天外村。小雪不忍心杀掉城中居民，宇文拓答应小雪可以带走一个她最疼爱的(🕎)人，小雪找到如烟让她马上离开，但是如烟不愿意离开，小雪只得回去。当所有人都消失后，靖仇终于赶来，但还是晚了一步，靖仇不愿听小雪解释，与陈(🈹)辅玉儿合力大战宇文拓，小雪为了保护宇文拓，上前阻拦帮助宇文拓逃脱。
靖仇坚持认为宇文拓那边也不能松懈，必须阻止他继续杀人，所以决定自己去见宇文拓牵(😑)制住他，而玉儿(📍)等人继续进行刺杀隋炀帝的行(📒)动。靖仇见到了宇文拓，二人继续争吵，宁珂隔岸观火并准备将玉儿(🚞)等人一网打尽家嫁祸宇文拓。宇文拓与靖仇争斗得知宁珂已经逃出天外村，急(🧤)忙回到大兴找她，小雪将靖仇困住，使他不能阻挡宇文拓。玉儿等(🎗)人决(♒)定用美人计将隋炀帝引出守卫森严的天乐宫，然后刺杀他。
玉儿醒来过来，陈靖仇告诉她小雪是真心真意帮助宇文拓，还说宁珂是魔。玉儿听完觉得错怪了小雪。她还让陈靖(💉)仇去帮他师傅。陈靖仇于是离开了(🛤)。宇文拓说玉儿身中剧毒，小雪很生气，觉得是宁珂所为。小雪发现宇文拓伤得很重，于是她帮他疗毒。
宇文拓关切地(💦)搀(🛋)扶宁珂坐下，还(📗)告诉(🖖)她大着肚子要吃好的，然后帮她(🦑)做法。宁珂十分感动。宁珂她们来找小雪(🍱)，宇文拓说需要小雪的帮助。小雪替她施了法，告诉宁珂她的孩子没事了。小雪和宇文拓聊天，小雪很感激宇文拓，还说(⏭)会祝福他。
在宇文拓与宁(🧞)珂成亲当天，书香将宁珂带回了(🔒)魔界。魔君打算利用这个越界结合(🔮)的孩子所拥有无人能挡的力量毁灭人界(👢)与天界。
万灵血珠的功能被改变，绝谷惨(♓)遭灭顶之灾。陈靖仇不顾安危(🕡)，前去营救月(🎳)儿和玉儿两姐妹。姐姐月儿选择推开二人，独自留下。然而这依然没有挽留住玉儿的生命。最后一刻，玉儿告诉靖仇自己这一世已经满足了，希望他不要忘记自己。
陈靖仇在幻境中拥抱虚无的玉儿，玉儿问靖仇生(💼)命中最重要的是什么(🎦)，靖仇毫不犹豫地回答是玉儿，并向玉儿深情表白。宇文拓告诉靖(🧙)仇，失却之阵最大的威力就是扭转时空，世间万物可以重(💢)生和改变，也就意味着玉儿有可能再复活。
最终结局是陈靖仇带着重(🎙)伤的玉儿来到仙界(🛥)，不料仙人外出，玉儿还是死去。陈靖仇心灰意冷，决定(🤪)放弃。靖仇离开大兴后遇见(🖥)李世民，并与张烈重逢，并在他们的协助下再度对抗宇文拓。
陈靖仇来到通天塔顶，打败了宇文拓，还(🧠)将其右臂砍下，宁珂趁机发动偷袭，西方魔(😀)界终于降临，原来宁珂郡主是撒旦手下(🥣)的女魔将，是一切阴谋背后的真正主导人。众人到仙(🎻)山岛寻求(⤴)帮助，众人夺回琴、鼎、印，并在古月仙人帮助下列出失却之阵。
以宇文拓的昆仑镜力量回到魔界降临(📟)被划破之前。之后一行(🐶)人通过代替虚空之阵的巴别之路前往天上界，并顺(🍺)利到达赤贯核心修补(😃)“神州九(🎟)天结界”。宁珂再次出现，却被众人打倒。宁珂临终前，说出了自己附身宁珂郡主的真相。最后在(😔)古月仙人帮助下，将灵魂封入伏羲琴中净化。
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扩展资(🚰)料：
《轩辕剑叁外传：天(🛀)之痕》本作的故事背(🍁)景庞大复杂，以赤贯星贯穿整个故事，它的出现将神州九天结界划开一个口子，这个现象就是“天之痕”。同时该(🏪)部作品解释(🔠)了《轩辕(🔬)剑叁：云和山的彼端》中，炼妖(🛂)壶出现在欧洲的原因。
游戏已于2000年12月2日在中国台湾地区(💲)发售，2001年1月15日在中国大陆发售。该作另有衍生出的手机游戏、网络游戏，并于2012年被改编为小说和电视剧《轩辕剑之天之痕》。
